De bodembedekking van een terrarium is voornamelijk afhankelijk van het soort dieren dat gehouden wordt, woestijndieren stellen natuurlijk compleet andere eisen aan de bodembedekking dan dieren uit een vochtige omgeving net als boombewoners die zelden op de grond komen die weer compleet andere eisen hebben dan dieren die holen graven, er bestaat dus niet zoiets als een ideale bodembedekking. Behalve mooi uitziende natuurlijke substraten zoals zand, grind, turf, leem, bosaarde, potgrond, humus, mulch van boomschors en allerlei mengsels daarvan kan je voor sommige dieren of bepaalde doeleinden ook nuttig gebruik maken van kunstmatige substraten zoals vermiculiet, hydropellets, schuimplastic, en kunstgras.
Bij de keuze van het substraat moet je je natuurlijk altijd laten leiden door de eisen die de dieren stellen, en pas op de laatste plaats door je eigen voorkeur of esthetisch gevoel. Zo zijn scherpkantige of bijgeverfde substraten als bodemmateriaal voor een terrarium altijd ongeschikt, hoe fraai ze er ook mogen uitzien of hoe mooi de kleur ook bij uw behang past.
In uitzonderings gevallen, bijvoorbeeld in een voederbak voor slangen, een speciaal regenterrarium voor de kweek van tropische boomkikkers of in kweek- en opfokbakjes voor aquatische amfibien of hun larven, word om redenen van hygiëne meestal geheel van een bodemlaag afgezien. Net als in quarantainebakken, waar men liever materialen gebruikt die gemakkelijk te reinigen en te desinfecteren zijn, zoals krantenpapier, schuimplasticmatjes of kunstgras.
De dikte van de bodemlaag hangt af van de graafneigingen van de te houden dieren. Bij niet gravende soorten hoeft het substraat maar enkele centimeters dik te zijn. Bij gravende dieren moet een laag worden aangebracht die minstens zo hoog is als hun lichaamslengte. Vooral voor drachtige vrouwtjes moet op zijn minst ergens in een hoek van het terrarium het substraat hoog worden opgestast. Voor soorten die een hol graven is een leemhoudende of op andere wijze stevig wordende bodemlaag (bijvoorbeeld, speelzand) aan te bevelen, want daarin krijgen de gegraven gangen een zekere sterkte en storten ze niet telkens in. Soorten die zich alleen oppervlakkig ingraven om te rusten hebben juist een losser substraat nodig.

Turfblokken. Veenmos.